Komparasi Metode Ekstraksi DNA Menggunakan Daun Padi: Review

Authors

  • Ade Buchori Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor
  • Habibi Firmansah Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor
  • Mutia Anika Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor
  • Sri Ratnawati Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor
  • Umi T Ulfa Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor
  • Yuniel Zendrato Program Studi Pemuliaan dan Bioteknologi Tanaman, Departemen Agronomi dan Hortikultura, Fakultas Pertanian, Institut Pertanian Bogor

DOI:

https://doi.org/10.61761/agiotech.1.1.40-50

Keywords:

Ekstraksi DNA, CTAB, Daun padi, Kit Ekstraksi

Abstract

Ekstraksi DNA berkualitas dari jaringan tanaman membutuhkan metode yang tepat dalam memurnikan DNA dari membran sel, protein, dan komponen seluler lainnya. Isolasi DNA pada tanaman padi biasanya menggunakan bagian daun, namun membutuhkan pertimbangan dalam penggunaan metode tergantung kebutuhan, tujuan, dan memperhatikan kelebihan dan kekurangan dari setiap metode isolasi DNA. Artikel ini mengkaji metode isolasi DNA pada daun tanaman padi untuk mendapatkan DNA dengan kualitas baik menggunakan metode konvensional ataupun kit komersial. Perbandingan metode isolasi DNA daun padi dari lima peneliti menunjukkan bahwa metode Ahmadikhah (2009) memiliki keunggulan dibandingkan keempat metode lainnya. Ahmadikhah (2009) menggunakan metode CTAB yang telah dimodifikasi, membutuhkan sampel yang sangat kecil (30 mg) dan dapat diaplikasikan pada sampel daun segar (muda) dan daun kering. Metode isolasi Ahmadikhah (2009) menunjukkan hasil visualisasi pola pita yang jelas tanpa adanya smear

References

Abdel-Latif, A., Osman G. (2017). Comparison of three genomic DNA extraction methods to obtain high DNA quality from maize. Plant Methods, 13(1):1-9.

Ahmadikhah, A. (2009). A rapid mini-prep DNA extraction method in rice (Oryza sativa). African Journal of Biotechnology, 8(2):234-238.

Ceccarini, L., Macchia, M., Flamini, G., Cioni, P.L., Caponi, C., Morelli, I. (2004). Essential oil composition of Helianthus annuus L. leaves, and heads of two cultivated hybrids “Carlos” and “Florom 350”. Indust Crops Prod. 19:13–7.

Cheng, Y.J., Guo, W.W., Yi, H.L., Pang, X.M., Deng, X. (2003). An efficient protocol for genomic DNA extraction from citrus species. Plant Molecular Biology Reporter, 21: 177a-177g.

Clark, M.S. (1997). Plant molecular biology – a laboratory manual. New York: Springer–Verlag Berlin Heidelberg. Pp.305–328.

Doyle, J.J, Doyle, J.L. (1987). A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue. Phytochemical Bulletin, 19 (1): 11-15.

Elfianis, R., Warino, J., Rosmaina, R., Suherman, S., Zulfahmi. (2021). Analisis kekerabatan genetik tanaman padi (Oryza sativa L.) di Kabupaten Kampar dengan menggunakan penanda Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Jurnal Agroteknologi, 11 (2): 75-84.

Guillemaut, P., Maréchal-Drouard, L. (1992). Isolation of plant DNA: a fast, inexpensive and reliable method. Plant Mol. Biol. Rep. 10: 60-65.

Gupta, N. (2019). DNA extraction and polymerase chain reaction. Journal of Cytology, 36(2):116–117.

Javed, K (2011). Quantification of alkaloids, phenols and flavonoids in sunflowers (Helianthus annuus L.). African Journal of Biotechnology, 10(16): 3149-3151.

Karsinah, K., Sudarsono, S., Setyobudi, L., Aswidinnoor, H. (2002). Keragaman genetik plasma nutfah jeruk berdasarkan analisis penanda RAPD. Jurnal Bioteknologi Pertanian, 7(1): 8-16.

Khanuja, S.P.S., Shasany, A.K., Darokar, M.P., Kumar, S. (1999). Rapid isolation of DNA from dry and fresh samples of plants producing large amounts of secondary metabolites and essential oils. Plant Mol Biol Rep., (17):1–7.

Kit, Y.S., Chandran, S. (2010). A Simple, rapid and efficient method of isolating DNA from Chokanan mango (Mangifera indica L). Afr J Biotechnol., 9(36):5805–5808.

Latiff, N.A., Jabir, A.R., Din, M., Atiqah, S., Alam, Z., Hanapi, S.Z., Sarmidi, M.R. (2019). Quantification of polyphenol content, antioxidant properties and LC-MS/MS analysis in Malaysian indigenous rice cultivars (Oryza sativa L.). Agr Natural Resource, 53:402–409.

Lever, M., Torti, A., Eikenbusch, A., Michaud, P., Šantl-Temkiv, A.B., Jørgensen, B.B. (2015). A modular method for the extraction of DNA and RNA, and the separation of DNA pools from diverse environmental sample types. Frontiers in microbiology, 6:476.

Martida, V., Pharmawati, M. (2019). Comparison of DNA yield from different plant materials of Plumeria sp. (Apocynaceae). Journal of Advances in Tropical Biodiversity and Environmental Sciences, 3(1): 8-11.

Nalini, E., Jawali, N., Bhagwat, S.G. (2003). A simple method for isolation of DNA from plants suitable for long term storage and DNA marker analysis. Issue. 249.

Rezadoost, M.H., Kordrostami, M., Kumleh, H.H. (2016). An efficient protocol for isolation of inhibitor-free nucleic acids even from recalcitrant plants. 3 Biotech. 6(1):61.

Ribeiro, R.A., Lovato, M.B. (2007). Comparative analysis of different DNA extraction protocols in fresh and herbarium specimens of the genus Dalbergia. Genet. Mol. Res. 6:173-187.

Setiawan, A., Sebastian, A., Purwestri, Y.A. (2021). Deteksi gen ketahanan hawar daun bakteri Xa21 pada padi (Oryza sativa L.) hitam dan merah lokal di Indonesia. Vegetalika, 10(2):120-132

Steiner, J.J., Poklemba, C.J., Fjellstrom, R.G., Elliott, L.F. (1995). A rapid onetube genomic DNA extraction process for PCR and RAPD analyses. Nucleic Acids Res., 23: 2569-2570.

Subashini, R., Rakshitha, S. (2012). Phytochemical screening, antimicrobial activity and in vitro antioxidant investigation of methanolic extract of seeds from Helianthus annuus L. Chem Sci Rev Lett., 1: 30–34

Syafaruddin, S., Randriani, E., Santoso, T.J. (2011). Efektivitas dan efisiensi teknik isolasi dan purifikasi DNA pada jambu mete. Buletin RISTRI, 2 (2).

Varma, A., Padh, H., Shrivastava, N. (2007). Plant genomic DNA isolation: an art or a science. Biotechnol J., 2(3):386-392.

Warsi, M.K., Jan, A.T., Azam, M., Wanwari, S., Mohd, Q., Haq, R. (2011). Efficient DNA isolation method for molecular studies from leaves and roots of rice (Oryza sativa). Journal of Phytology, 3(2): 78-80

Wening, R.H., Suwarno, W.B., Purwoko, B.S., Rumanti, I.A., Estiati, A. (2021). Konfirmasi toleransi galur-galur Padi terhadap cekaman kekeringan secara molekuler. J. Agron Indonesia, 49(2):105-111

Xu, X., Kawasaki, S., Fujimura, T., Wang, C. (2005). A Protocol for high-throughput extraction of DNA from rice leaves. Plant Molecular Biology Reporter, 23: 291–295.

Downloads

Published

28-12-2023

How to Cite

Buchori, A., Firmansah, H., Anika, M., Ratnawati, S., Ulfa, U. T., & Zendrato, Y. (2023). Komparasi Metode Ekstraksi DNA Menggunakan Daun Padi: Review. Agriculture and Biological Technology, 1(1), 40–50. https://doi.org/10.61761/agiotech.1.1.40-50

Issue

Vol. 1 No. 1 (2023): Desember

Section

Articles

License

Copyright (c) 2023 Ade Buchori, Habibi Firmansah, Mutia Anika, Sri Ratnawati, Umi T Ulfa, Yuniel Zendrato

Creative Commons License

This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.